Сюжет охватывает две временные ветки: одна рассказывает об инциденте в городке Нибельхайм с участием Зака, Клауда, Тифы и Сефирота; другая хронологически происходит после первой и рассказывает о побеге Зака и Клауда из научной лаборатории мегакорпорации «Shinra Inc.».