В мире недалекого будущего началась новая эра, где стирается грань между человеком и искусственным интеллектом. Что касается проблем человечества с добычей энергии, ученым пришлось начать разработку квантового реактора, идея которого заключалась в обеспечении энергией всей страны. Гениальному ученому Леон Лау удалось сделать нечто невозможное и удивительное. Но произошел печальный инцидент: взрыв реактора, вызвавший катастрофу в виде неизвестной утечки энергии, повлиявшей на изменение всего мира. Впоследствии этот инцидент перешел в стадию зарождения нового стремления к превосходству, влияние эволюции вышло за пределы биологической структуры и распространилось на различные типы материалов и технологий. Эпоха массовой эволюции началась с участием человечества, машин и биотехнологий. Человечество боролось с ними с помощью многоцелевых машин органической эволюции, но не смогло их полностью победить. И люди решили изолироваться от них высокими стенами и баррикадами в Новом Гонконге.
Спустя 7 лет от древней планеты осталось только её имя, рождалось все больше и больше устрашающих существ, с которыми уже не могли справиться даже военные. И поэтому Хлоя и Леон, находящийся в центре всего этого, пытаются найти способ сразиться с существами и остановить мутантов. Но вскоре его относительно мирная жизнь подошла к концу: прошлое никогда не покинет Леона, потому что он был причастен к гибели стольких людей. Опасность преследует его и Хлою по пятам, и это лишь вопрос времени, когда она доходит до них. И по этой причине герой обещает, что все вернется на круги своя. Аниме «Небесная машина Пандора» наполнено чарующими битвами и не менее интересными приключениями гения Лау и отважной Хлои.