Врата Штейна: Зона загрузки дежавю

События разворачиваются спустя целый год после того, как гениальный и эксцентричный изобретатель Ринтаро Окабэ сумел спасти свою подругу, талантливую и одаренную ученую Курисэ Макисэ. Ему пришлось преодолеть огромное множество временных линий и сложных препятствий, чтобы исправить последствия своего изобретения – способного к перемещению сквозь время устройства под названием Врата Штейна. Он, наконец, вернул мир в то состояние, в котором все идет как надо и никто из его друзей не умирал. Однако долгожданного спокойствия он обрести не смог, ведь безумные испытания оставили в нем глубокий след.

Ринтаро пытается просто жить дальше, но путешествия по временным измерениям продолжают преследовать его мысли. Герой страдает от навязчивого ощущения, что он допустил какую-то серьезную ошибку во время одного из временных прыжков. Вдобавок к этим страхам ему начинают являться призрачные видения, связанные с иными реальностями. В конце концов, Ринтаро буквально теряется, исчезает из своего мира. При этом все вокруг и не вспоминают о его существовании, как будто такого человека вообще никогда не было. Но есть один человек, который его помнит. Спасенная им Курису возвращается из-за границы в Японию, и она точно знает, что Ринтаро существовал. Об этом ей подсказывает чувство неправильности и явственная нехватка кого-то дорогого. Чтобы вернуть друга, ей придется снова вмешаться во временные линии, но сам Ринтаро предостерегал от подобного шага. Курису предстоит принять нелегкое решение и найти способ вернуть пропавшего в этот мир.