Человечество практически уничтожено негуманоидной расой, названной Гауна. Оставшиеся в живых люди сбежали с родной Земли на кораблях-гигантах "Сидония". Изредка останавливаясь запастись ресурсами, корабли путешествуют по космосу в поисках нового дома. Однако, угроза нападения чужеродной расы все так же висит над выжившими и ученые разработали специальные средства борьбы с неприятелем, а военные освоили их.

Нагатэ Таникадзэ провел свою жизнь на нижних уровнях одного из космических кораблей, практически не контактируя с другими людьми, находясь лишь под опекой Хироки Сайто, называющего себя дедом Нагатэ. Смерть родственника и голод выгнали юношу из подземелья, и теперь навыки пилотирования, усвоенные им на старом имитационном тренажере, помогут всей "Сидонии" в борьбе с беспощадными Гауна.

Фильм является сокращенной версией TV-сериала.